为进一步加强重点流域水污染防治工作，环境保护部于2008年9月9日至10日，在山东曲阜召开了“全国重点流域水污染防治工作会议”，总结重点流域开展水污染防治工作情况，全面部署重点流域水污染防治规划的实施工作。环境保护部张力军副部长主持会议，周生贤部长出席会议并讲话。来自全国21个重点流域省（市、自治区）环保局主要负责同志以及国家发改委、监察部、财政部、住房与城乡建设部、水利部、农业部、林业局有关负责同志和新闻单位的200余位代表参加了会议。
    会议指出，党中央、国务院高度重视水污染防治工作，不断扩大重点治理的流域范围。2007年以来，国务院陆续批复了淮河、海河、辽河、松花江、三峡库区及上游、丹江口库区及上游、黄河中上游、滇池、巢湖流域水污染防治规划，以及太湖流域水环境综合治理总体方案，明确了防治的目标和任务，为进一步做好重点流域水污染防治工作指明了方向。
    会议强调，加强重点流域水污染防治，是落实环保工作全面推进重点突破总体思路的必然要求，是保障国家水环境安全的迫切需要，是实现减排目标的重要措施，是让不堪重负的江河湖海休养生息的有效途径。当前要重点做好以下工作：一要密切协作，落实责任；二要加大投入，科学管理；三要调整结构，多措并举；四要深入研究，积极创新；五要搞好培训和宣传教育，增强环境意识；六要严格管理，防范事故。
    会议要求，要进一步统一思想，把重点流域水污染防治摆在更加紧迫、更加重要的位置，按照重点流域水污染防治规划明确的目标和任务，切实落实让不堪重负的江河湖海休养生息政策措施，努力开创重点流域水污染防治新局面。
    会议还重点讨论了《重点流域水污染防治规划（2006-2010）执行情况评估暂行办法》（征求意见稿）。该评估办法在进一步征求地方及国务院有关部门意见，并报经国务院同意后，由环境保护部、国家发展和改革委、住房和城乡建设部联合印发，自2009年起，三部委将组织对21个重点流域所在省区市政府《规划》执行情况进行评估。