6月23日至7月1日，国务院第一次污染源普查领导小组办公室核查组对本市污染源普查工作进行了核查，并于7月3日反馈了核查意见。
    核查组对本市污染源普查工作给与了高度评价，一致认为：北京市委、市政府对污染源普查工作高度重视，普查领导小组及办公室领导有力、组织严密，各区县政府和相关职能部门科学指导、通力合作、狠抓落实，普查工作取得了阶段性成果和明显成效。一是查清了全市各类污染源的数量、分布和主要污染物排放情况。二是拓展了普查范围，增加了大气挥发性有机物和非点源水污染物两个专项调查，为控制臭氧污染与改善水环境质量提供了科学依据。三是普查工作严肃认真，普查表格填写工整规范，普查数据准确率达到99.71％，优于国家规定的数据质量标准（98％）。四是积极应用普查成果，为奥运环境保障服务，实现普查、奥运“两手抓、双促进”。五是强化了全体市民环保意识，锤炼出一支懂业务、会管理的环保队伍，为促进全市环保事业的可持续发展奠定了基础。
    在肯定成绩的同时，核查组也指出了本市污染源普查工作存在的问题，建议进一步加强对全市污染源普查和环境保护工作的全面总结，认真分析首都污染源普查与环境保护工作的特点及规律，争创全国污染源普查先进单位。