5月22日～29日，由市污普办成员及18个区县和北京经济技术开发区抽调的技术骨干组成的5个核查小组，分赴全市各区县，对全市工业源和生活源的普查表填报质量进行了核查。
    核查组听取了各区县污普办关于污染源普查表填报和数据审核阶段工作的汇报，查阅了原始普查表、质量控制、技术档案等相关资料，并随机抽取普查对象进行现场核查。经核查，各区县均按照全市统一要求，切实加强领导，机制健全、工作认真、程序严格，认真组织普查表填报和数据审核工作，全体普查员、普查指导员和普查办的工作人员工作加班加点，为按时完成工作付出了辛勤的劳动，保证了全市漏报率、漏填率和差错率三项指标均在1.5%以下，十九个区县全部通过市级核查。
    在核查中也发现了一些不容忽视的问题，各核查小组在给区县普查办的核查报告单中已明确指出，并要求各区县在规定时间整改，同时要举一反三，进一步加强对普查表的全面审核工作，严把质量关。针对核查中发现的一些专业问题，市污普办将组织行业专家进行进一步的专项审核。